Kebersihan madrasah merupakan salah satu bagian penting dalam kegiatan belajar mengajar. Meskipun tidak berhubungan langsung, lingkungan madrasah yang bersih akan membuat siswa-siswi belajar dengan nyaman dan pada akhirnya akan berdampak positif pada siswa. Tidak hanya itu saja, lingkungan yang bersih juga dapat menaikkan nilai akademis dan semangat belajar siswa. Menjaga kebersihan madrasah adalah kewajiban dan tanggung jawab seluruh warga madrasah. MIM Sonorejo mempunyai program kerjabakti membersihkan lingkungan madrasah secara rutin setiap sebulan 2 kali di minggu pertama dan ketiga. Pada kegiatan tersebut, seluruh warga madrasah membawa alat kebersihan dan melakukan kerjabakti di lingkungan madrasah. Lingkungan madrasah meliputi ruang kelas, halaman madrasah, toilet, masjid, ruang guru, lingkungan depan madrasah dan belakang madrasah.